Ένας γονιδιωματικός δείκτης (ή γενετικός δείκτης) είναι ένα συγκεκριμένο γονίδιο ή αλληλουχία DNA που σχετίζεται με ένα γνωστό χαρακτηριστικό. Χρησιμοποιούνται για τη μελέτη της σχέσης μεταξύ ασθενειών και γενετικής. Ένας γενετικός δείκτης μπορεί να χρησιμεύσει ως σημαία για ένα άλλο γονίδιο. Πρέπει να βρίσκεται στο ίδιο χρωμόσωμα και αρκετά κοντά στο άλλο γονίδιο, ώστε τα δύο γονίδια να είναι γενετικά συνδεδεμένα και συνήθως να κληρονομούνται μαζί.