Για την παραγωγή πρωτεϊνών, τα γονίδια πρώτα μεταγράφονται™ σε αγγελιοφόρο RNA (mRNA). Το μεταγραφόμενο σύνολο αντιπροσωπεύει το σύνολο των μορίων mRNA που υπάρχουν σε ένα συγκεκριμένο κύτταρο ή ιστό σε μια συγκεκριμένη χρονική στιγμή. Αναλύοντας το μεταγραφόμενο σύνολο, οι ερευνητές μπορούν να προσδιορίσουν πότε κάθε γονίδιο ενεργοποιείται ή απενεργοποιείται σε ένα κύτταρο ή ιστό, πώς λειτουργεί κανονικά αυτός ο τύπος κυττάρου και πώς οι αλλαγές στο κανονικό επίπεδο γονιδιακής δραστηριότητας μπορεί να μεταβληθούν από ή να συμβάλουν σε μια ασθένεια.