Η λέξη «πρωτεόμα» προέρχεται από τις λέξεις «πρωτεΐνες που εκφράζονται από ένα γονιδίωμα». Αναφέρεται στο σύνολο των πρωτεϊνών που εκφράζονται και τροποποιούνται από ένα συγκεκριμένο κύτταρο, ιστό ή οργανισμό σε μια συγκεκριμένη χρονική στιγμή, υπό καθορισμένες συνθήκες. Το πρωτεόμα αλλάζει συνεχώς σε απόκριση σε ενδοκυτταρικά και εξωκυτταρικά περιβαλλοντικά σήματα υγείας ή ασθένειας.